La fondation de la Sécession viennoise est considérée comme le signe marquant le renouvellement artistique de la « Vienne 1900 », et comme la naissance du « Jugendstil » ou « Art Nouveau » viennois. Insatisfaits de la politique menée à l’époque quant aux expositions, et encouragés par les précédentes fondations de Sécession à Paris et à Munich, 23 artistes viennois, parmi eux notamment Gustav Klimt, Josef Hoffmann, Joseph Maria Olbricht, Kolo Moser et Carl Moll, quittèrent la « Société des artistes plasticiens de Vienne », dont le ton artistique était jusqu’alors donné par Hans Makart, et formèrent l‘« Association des artistes plasticiens d’Autriche – Sécession ». Secession signifie « séparation » et désigne le détachement des traditions historiques et académiques. Sur le plan artistique, les Sécessionistes prennent comme référence la Modernité internationale. Les aspirations symbolistes et strictement formelles, la tendance à une représentation plate, ainsi que l’influence de l’Asie de l’Est, constituaient les caractérisques essentielles de ce nouveau « Art du style ».

Gustav Klimt fut le premier président de l’Association, et conçut également, lui-même, une ébauche pour le bâtiment d’exposition. Il créa aussi l’affiche de la première exposition de 1898: y est représenté – observé par Athéna, la déesse protectrice des arts – le jeune Thésée combattant le Minautaure, et est ainsi symbolisée la lutte de la Sécession contre le poids historique de la tradition. En raison de la presque entière nudité de Thésée, l’affiche fut censurée par l’État et dut être « cachée » par Klimt à l’aide de quelques arbres. La maison construite par Joseph Maria Olbricht, située tout près du Naschmark fut inaugurée fin 1898 et est, encore aujourd’hui, appelée affectueusement par les Viennois « Krauthappel » (« choux »). Au-dessus d’un parallélépipède blanc, semblable à un temple, s’élève un dôme fastueux, orné de plus de 3 000 feuilles de laurier dorées. Une citation du critique d’art Ludwig Hevesi, « À chaque époque son art, à l‘art sa liberté », devint le slogan des Sécessionistes et décore le portait d‘entrée.

Entre 1897 et 1905, la Sécession organisa 23 expositions innovantes, et c’est grâce à la Sécession que l’on put voir à Vienne, à cette époque, des œuvres d’art contemporain venant d’Europe, dont des œuvres de Cézanne, Monet, van Gogh, Rodin, Munch ou Hodler. Les expositions s’accompagnaient d’affiches d’une grande valeur artistique, de catalogues extraordinairement conçus, et l’organisation de l’espace, s’appuyant sur une conception géométrique et claire, était, et est toujours, d’une modernité à couper le souffle. Le journal publié régulièrement entre 1898 et 1903, « Ver Sacrum » (« Printemps Sacré »), se distinguait particulièrement, outre les contributions littéraires et artistiques, par sa conception graphique, pour laquelle les membres fournissaient des vignettes de titre et des esquisses de décoration. À la suite de querelles intestines quant à l’orientation du contenu de la Sécession, Gustav Klimt quitta l’association au printemps 1905, avec ce que l’on appelle le « groupe de Klimt ».